基本的に各疾患のガイドラインに基づいた標準治療を行います。また、京都府立医科大学消化器外科と連携をとり、最新の治療法を積極的に導入しています。最近では消化管悪性腫瘍（胃癌、大腸癌）、胆石症に対する手術は、低侵襲な腹腔鏡下手術を第一選択とし、小さい傷で術後の痛みも少ないため、早期退院、早期の社会復帰が実現できるようになっています。一方で、高齢の方や合併疾患を持った方も多く、術後のQOL（生活の質）を考慮し、縮小手術を選択する場合もあります。それぞれの患者さまの背景を踏まえ、最も適切と考えられる治療方針について、消化器外科内で、また他部門を合わせた外科全体で、さらに消化器内科と、毎週行う定期的なカンファレンスの中で検討を行っています。最終的には患者さま、ご家族さまへの十分なインフォームドコンセントの上で治療方針を決定しています。